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McDonald–Kreitman test（简称MK检验）是1991年由McDonald和Kreitman提出的基因进化分析方法，用于检测蛋白质编码区是否符合中性进化模型。其核心原理基于中性进化假设下，种内同义与非同义突变比例（Pn/Ps）应与种间固定差异比例（Dn/Ds）一致。若两者显著偏离，则表明存在
作用。该方法通过统计检验比较位点类型分布差异，不受群体动态变化影响，但仅适用于编码区分析，常用DnaSP等工具实现
基因数据分析发现49%的氨基酸替换由正选择驱动，并衍生出中性指数、适应性进化比例等指标
；2009年应用于果蝇bab基因座的多态性检测，证实了不同旁系同源基因的选择压力差异
。2023年研究指出其在分子定量遗传学中的局限性，即缺乏中性参照体系。2025年开发的2DNS方法将其扩展至通路层面选择检测，结合基因集合的进化约束和人口历史效应分析
MK检验的原理是：在无选择作用的中性条件下，所研究基因的种内的同义、非同义突变应与种间同义、非同义突变成正比。反之，则推翻零假设，即基因在不同物种中受到了选择的作用。MK检验思路简洁，计算简单，但在检验中性假说方面却很有说服力。而且该检验与以上提到的检验相比，不需要很多假设限制，重组和种群大小的动态对检验结果没有影响。McDonald和Kreitman（1991）对所研究的DNA序列的位点首先进行分类，以区分种内差异和种间差异。将种内个体间无碱基差异而种间有明显碱基差异的位点，定义为固定位点（fixed site），作为种间差异的标志。将种内个体间有碱基差异的位点，定义为多态性位点（polymorphic site），作为种内多态性的标志。分辨出样本的多态位点和固定位点之后，将各位点上的突变再按同义突变位点和错义突变位点加以区分。按照MK检验的原理，在中性条件下：
式中Dn代表既是非同义突变位点又是固定位点的位点数，Ds代表既是同义突变位点又是固定位点的位点数，Pn代表既是非同义突变位点又是多态位点的位点数，Ps代表既是同义突变位点又是多态位点的位点数。当选择作用存在于不同物种中时，上式两边会不相等。此时，可用统计学的G-test检验等式两边比例差异的显著性。若显著，也就是说物种间的错义突变数目大于基于种内多态性估计得到的期望值，说明基因在物种间受到了选择作用（周琦等，2004）。根据MK检验的原理可以看出，其应用的范围有限制，即只能对蛋白质编码区进行检测，而且只能利用DNA序列的数据。MK检验可以利用DnaSP软件计算。
